Raja negeri Habsyah, An-Najasyi yaitu Ashhamad bin Al-Abjar masuk Islam setelah mendengar akan hujah Ja'afar berkenaan dengan Islam ketika beliau berlindung di Habsyah.

Ja'far bin Abi Thalib kembali pulang dari Habsyah sewaktu penaklukan Khaibar dan ikut menuju Khaibar bersama dengan Abu Musa Al-Asya'ari. Pada tahun ke 8 Hijrah, Ja'afar bin Abi Thalib dilantik sebagai panglima perang kedua selepas Zaid ibn Harithah untuk mengikuti ekspedisi perang Mu'tah melawan tentera Rom Byzantine. Beliau kemudiannya gugur syahid selepas menggantikan Zaid bin Harithah. Tempat beliau diganti oleh seorang lagi sahabat nabi dari golongan Ansar iaitu Abdullah ibn Rawahah yang kemudiannya turut syahid.kemudian diganti oleh Khalid bin al-Walid